En realidad es una reducción de frases como "tener un estómago resistente", y se dice por la capacidad y tolerancia para realizar tareas que producen asco, rechazo, que son desagradables al punto (muchas veces exagerado) de provocar el vómito en una persona común. También puede ser un fragmento de otras locuciones, como p. ej. «tener un estómago de buitre».
"-Hay que tener estómago para hacer ciertas cosas. -Más vale tener estómago que no tenerlos bien puestos. -Parecemos un coro de la tragedia de los machos de nuestros pueblos. (Ernesto Caballero)"